Zwischen Australien und Neuguinea bestand vor etwa 40.000 Jahren eine Landbrücke, welche mit dem Ansteigen des Meeresspiegels verschwand. Über diese Landbrücke vollzog sich die frühe Besiedelung Australiens. Und es erklärt den verwandten Habitus von Papua und Aborigines.
Als im Jahre 1545 die ersten Europäer unter dem spanischen Kapitän Ortiz di Retes landeten, bestand bereits ein muslimisches Sultanat in Teilen Neuguineas. Seit dem 17. Jahrhundert erkundeten Holländer, Franzosen, Engländer und Deutsche schrittweise die leichter zugänglichen Gebiete der Insel. Besonders die Niederländische Ostindien-Kompanie interessiert sich für Neuguinea, musste aber 1660 die Vorherrschaft des Sultanats Tidore anerkennen. Erst 1828 erhoben die Niederlande offiziell Herrschaftsansprüche.
Mit der Gründung der deutschen “Neuguinea Compagnie“ 1884 wurde der Nordosten von Neuguinea neben einigen anderen Gebieten in dieser Region zum deutschen Schutzgebiet „Kaiser-Wilhelms-Land“. Der südöstliche Teil Neuguineas gehörte ab 1885 als Protektorat „Britisch New Guinea“ zum britischen Empire. Deutschland und Großbritannien akzeptierten West-Neuguinea als Teil Niederländisch-Indiens und den 141. Längengrad als Grenze zu ihren Gebieten. Mit dem Ersten Weltkrieg endete die Zeit der Deutschen durch die Landung australischer Truppen im Südosten der Insel.
Erst 1938 wurden das Baliem-Tal und damit der große Stamm der Dani durch eine Expedition aus den Niederlanden und den USA entdeckt.
Mit Ausbruch des Zweiten Weltkrieges wird Japan Besatzungsmacht in Neuguinea und die Region zum Kriegsschauplatz. Die Alliierten befreien die Insel bis 1944. Die Niederlande übernimmt erneut die Herrschaft in West-Papua (Holländisch-Neuguinea).
Allerdings müssen die Niederlande bereits 1949 ihre Kolonie in die Unabhängigkeit entlassen und diese ruft die Republik Indonesien aus. Die Region West-Neuguinea bleibt allerdings noch unter niederländischer Herrschaft, offiziell wegen des Unterschiedes vom melanesischen zum indonesischen Landesteil.
Nachdem Indonesien immer wieder Ansprüche auf West-Neuguinea erhebt und 1962 sogar Annexionsversuche startet, kommt es im selben Jahr auf Vermittlung der USA und der UNO zum New Yorker Abkommen. Dies regelte den Übergang West-Neuguineas, erst unter UNO-, später unter indonesische Verwaltung zum 1. Mai 1963. West-Neuguinea wird in Irian Barat (West Irian), dann in Irian Jaya umbenannt.
Der Drang nach Selbstbestimmung gegenüber Indonesien und seinen Militärs führt 1964 zur Gründung der Unabhängigkeitsbewegung OPM.
1969 findet eine Volksbefragung über den Status West-Irians statt. Dieser „Act of Free Joice“ fällt zugunsten Indonesiens gegen einen unabhängigen Staat aus. Gleichwohl sind die Modalitäten der Wahl bis heute äußerst umstritten, die Vorwürfe reichen von Bestechungen bis zur Gewaltandrohungen. Damit hat dieses politische Gebilde von Anfang an einen entscheidenden Makel.
Dieser indonesischen Politik folgend, wurde auch eine 1971 ausgerufene Republik West-Papua nicht anerkannt. Stattdessen folgte 1973 eine Umbenennung in Irian Jaya („Siegreiches Irian“).
Auch ein weiterer Proklamationsversuch einer unabhängigen Republik West-Papua im Jahre 2000 scheiterte an der Ablehnung der indonesischen Regierung. Im Jahr 2002 wird Irian Jaya (West-Neuguinea) als Zugeständnis an den Willen der Ureinwohner in West-Papua umbenannt. Allerdings sorgte die Neuaufteilung West-Papuas in die beiden Teilprovinzen Irian Jaya Barat und Papua erneut für Proteste, da es ohne die vorgeschriebene Zustimmung der einheimischen Vertreter erfolgte.
Westpapua wird von Indonesien als fester Teil ihrer Nation gesehen. Nach dem Abzug der Niederländer fußte das indonesische Selbstverständnis auf der Übernahme aller ehemaligen holländischen Kolonialgebiete. Das raumgreifende Motto hieß „Sabang bis Merauke“ – was die Ausdehnung Indonesiens von Sabang auf der Insel Weh vor Sumatra als westlichste Stadt bis nach Merauke auf Westpapua am östlichen Ende beschreibt.
Neben den territorialen und politischen Interessen Jakartas an seinen östlichen Provinzen bedeutet Westpapua mit seinen Rohstoffen natürlich vor allem handfeste wirtschaftliche Vorteile für Indonesien.
Die Ureinwohner Papuas begriffen sich unter den Niederländern nicht als Kolonie. Erst der massive Einzug der Indonesier führte zu Widerständen unter den Papua.
Seit den 60er Jahren sind über 1 Million Indonesier nach Westpapua umgesiedelt. Inzwischen hält sich ihre Zahl im Verhältnis zu den angestammten Papua die Waage.
Diese Transmigrasi genannte Politik der Umsiedlung von Indonesiern, vornehmlich von der fernen Hauptinsel Java in dünner besiedelte Gebiete Westpapuas, führte zum Entstehen eines neuen grundsätzlichen Einheitsgefühls der Papua.
Die historisch zerstrittenen Stämme Westpapuas finden sich dabei zunehmend unter der gemeinsamen Idee eines unabhängigen Westpapua zusammen.